沙眼衣原体感染的症状随感染部位的不同而不同。首先，如果感染了眼部位，症状是眼睛干涩，有点痒，有异物感，症状可以自行缓解。有些患者还会伴有眼痛、畏光、眼睑结膜充血和肿胀，可伴有粘液或化脓性分泌物。如果感染泌尿生殖系统，主要表现为尿频、排尿急迫、尿痛和尿道分泌物增多。女性也可能伴有宫颈充血、黄色脓性分泌物等。