目前临床上认为巧克力囊肿属于子宫内膜移位症的一种，也叫做卵巢子宫内膜异位囊肿。对于巧克力囊肿的患者进行检查，首先要进行超声检查，来结合患者的临床病史进行综合性的判断。卵巢巧克力囊肿的患者常常会出现痛经，并且痛经呈现进行性加重，而且一部分人群会有不孕不育的病史，所以除了进行超声检查，还需要进行抽血CA125检查，以及结合病史综合性的进行分析。对于卵巢巧克力囊肿的患者，如果囊肿小于5厘米，可以暂时的用药物治疗，如果囊肿过大大于5厘米，即必要时则需要进行手术治疗。手术后由于小子宫内膜异位囊肿具有复发性，需要定期的超声复查囊肿的大小。

卵巢巧克力囊肿是很严重的疾病，因为卵巢巧克力囊肿会导致女性卵子的排出出现障碍，甚至会影响卵巢功能从而会引起不孕不育症的发生危害是比较严重的。而且卵巢巧克力囊肿的患者，除了能感到食欲不振、体重减轻、腹部肿胀外，严重者甚至会引起腹部剧烈疼痛。当囊肿破裂以后甚至会出现腹膜刺激症的这种情况，而且到了怀孕中期时，出现卵巢巧克力囊肿容易合并有卵巢囊肿蒂扭转。当晚期囊肿过大时容易引起难产，甚至容易引起巧克力囊肿的破裂。一旦巧克力囊肿变大甚至变性，都有可能会影响女性的生育功能，使精子卵子不能结合，从而影响生育导致不孕症的发生。

一般在临床上卵巢巧克力囊肿做完手术后，应该可以在一段时间内怀孕的。因为卵巢巧克力囊肿容易复发。如果在手术后间隔的时间过长，则有可能失去了怀孕的最佳时间。一般建议在手术以后三个月到半年左右就可以考虑怀孕了，如果（恢复）时间过短，女性身体还没有恢复正常，则不能够耐受怀孕的。如果女性在做完卵巢巧克力囊肿手术后，长时间不怀孕，超过一年以上，再有妊娠的打算，容易出现巧克力囊肿的子宫内膜异位病灶复发，或者盆腔粘连，此时则会影响女性怀孕，甚至会导致不孕症的发生，所以一般建议在术后三个月到半年可以考虑怀孕。

巧克力囊肿治疗方法有手术治疗、药物治疗、放置宫内节育器等，主要是根据患者的年龄、生育要求的综合评估。1、对无生育要求，年龄45岁左右、症状重、病灶累及重要脏器或多种治疗无效者，建议行全子宫双附件切除术根治。双侧卵巢切除后，没有激素的支持，异位的病灶会萎缩退化消失。2、对于年轻要求生育的患者和不孕症患者经全面检查排除其不孕因素，首先应该尽早在腹腔镜下明确诊断，分离盆腔粘连，去除肉眼可见的病灶，恢复正常的解剖结构。保留子宫和卵巢。手术可以明确诊断，排除恶性肿瘤，缓解疼痛，改善生活质量，能显着提高轻度内异症的自然妊娠率。然后药物抑制内异症的残余病灶，改善盆腔的免疫环境，抑制雌激素水平。最后，建议中重度患者尽早积极采用辅助生殖技术助孕。不应长期期待或药物治疗。3、对无生育要求较年轻的患者可以选择腹腔镜手术去除病灶，保留卵巢和子宫，宫内放置曼月乐的方法，曼月乐是一种含有孕激素的宫内节育器，即可以避孕，又可以缓解痛经和月经过多的症状，预防内异症复发。如果没有口服避孕药禁忌症的患者也可以长期服用避孕药。

巧克力囊肿可以怀孕。子宫内膜异位症分为腹膜型、卵巢型和深部结节型。腹膜型是最常见内异症，广泛分布在盆腹腔腹膜。卵巢型也很常见，可形成卵巢子官内膜异位囊肿，即“巧克力囊肿”，内容物并非真的巧克力，而是由于内异灶出血积累颇似巧克力汁样囊内液得名。腹腔镜是最佳手术选择。巧克力囊肿也可怀孕。不孕患者50%病因可归因到内异症头上。内异症患者中，一半左右可能发生不孕。子宫异位症引起不孕原因很多，可能是卵巢功能本身问题或腹腔微环境问题。通常不是输卵管堵塞问题，绝大多数内症患者输卵管是通畅的。