肛瘘不能自愈，也没有保守治疗。如果不治疗，会反复发生直肠肛管脓肿。因此，手术治疗的原则是切开瘘管以形成开放性伤口，有很多方法可以促进愈合。 手术应根据内口的位置，瘘管与肛门括约肌的关系。手术的关键是尽量减少肛门括约肌的损伤，以防止肛门失禁。

肛瘘的形成始于肛周脓肿，继发形成肛瘘，根据解剖位置分为高位肛瘘和低位肛瘘，根据肛瘘的数量，可分为单纯性肛瘘和复杂性肛瘘。对于患者来说是非常痛苦的，一些患者可能经过抗炎保守治疗但效果都不明显，那么低位肛瘘怎么治疗？
　　如何治疗肛瘘，在普通外科教科书中，有这样一句话，肛瘘不能愈合，需要手术治愈，对于肛门炎性疾病，肛瘘的治疗方法是多种多样的，但到目前为止，从治疗效果和长期预期来看，只有手术治疗才能达到彻底治愈的理想目的！低位肛瘘多是由于肛窦炎，或其他肛周脓肿引起的肛周脓肿进一步发展成低位肛瘘，该病可以经过抗炎治疗后减轻症状，但不能治愈。最好的治疗方法是手术切除，可以一次性切除根部，无后遗症，愈合时间一般为半个月左右。
　　肛瘘术前准备，目前业界的共识是三个辅助检查，核磁共振，腔内超声和全结肠镜检查。在大肛门直肠中心，MRI和腔内超声可以作为肛瘘的方向。制作完美的3D模型，结肠镜检查是排除克罗恩病瘘或其他疾病的经典检查。
　　针对肛瘘手术准确治疗内口和充分引流，这两点已得到国家肛肠专家委员会的批准和倡导，同时复杂的肛瘘手术，应注意保护肛肠括约肌的功能，手术后愈合时间也是持久而漫长的，需要花费大量的时间和金钱。这需要医生和患者充分沟通并获得患者的理解。
　　肛瘘手术，特别是在高位肛瘘手术中，如果选择不适当的外科手术或括约肌严重受损，可能导致大便失禁。在大便失禁发生后，通常无法恢复。当然，患者不应该太担心。这种手术非常谨慎，会要求有经验的医生进行手术，选择合理的手术方法，基本上可以避免大便失禁。
　　手术后可能会出现一些并发症，常见的并发症包括尿潴留和假性愈合。尿潴留，即膀胱有尿但不能排出，会有排尿的感觉，这与患者的精神压力，疼痛刺激或男性患者的前列腺肥大有关，通常通过药物调理，温水浴，尿潴留情况可以改善。