复杂性肛瘘相对而言比较严重，这可能是因为污染物感染而导致，要想得到有效治疗，首先可以选择药物的方式，如果在使用消炎药之后没有控制病情，也可以通过手术的方式治疗，除此之外也可以选择目前医学上比较先进的安氏治疗法。

肛瘘一旦形成，基本上是不会自动康复，这可能是因为直肠内的污染物感染到内口而引起，在反复的炎症侵害之后，就会出现明显的感染现象，也会导致引流不畅，甚至也会产生严重的危害，所以也需要尽快的接受治疗，可是复杂性肛瘘怎么治疗呢？
　　一、药物治疗
　　复杂性肛瘘早期治疗方法之一是药物治疗，其实在最早的时候，只需要选择一些比较简单的消炎药，就能够控制病情。但是也有一些人表示单纯的使用药物治疗，最多也只是消除表面的症状，根本就没有办法达到深入治疗的效果。并且，如果外口愈合，内部也会存在继续感染的现象，最终也就会更多瘘管，发展成为复杂性肛瘘，导致治疗的难度因此增加。因此，最有效的治疗方式还需要采取手术。
　　二、手术治疗
　　目前临床上其实有不少人在复杂性肛瘘早期会选择手术治疗，通过望诊的一种方式，能够有效的控制病情，这种方式是凭借医生的经验，也缺乏一定科学依据。在手术的过程中对患者采取的是完全切开引流的方式，患者也会承受一定的痛苦，也会影响到日常的生活。
　　三、安氏治疗法
　　其实在复杂性肛瘘早期治疗方法中，可以选择高科技的治疗方法，安氏治疗法是目前国家卫生部目前推广疗法，能有效减少手术对患者所造成的伤害。首先，采用探针检查准确检查内口，这种检查的方式有着99%的准确率，为下一步治疗提供依据。能够有效控制病灶部位，对肛瘘的治疗采用微创的小切口，也可以达到对口引流的效果，手术的时间大约半个小时左右，可有效减少患者的疼痛，因此也得到患者的认可。