原发性膀胱输尿管反流在许多小儿随生长发育可自然消失，而且无菌尿的反流不引起肾损害，原发性膀胱输尿管反流的治疗原则是控制感染，保护肾功能，防止并发症，药物治疗、手术治疗、定期随诊等，即使是严重的反流，如患儿年龄小，肾功能好，无生长发育障碍，也应考虑药物治疗。

正常的输尿管膀胱连接部具有活瓣样功能，只允许尿液从输尿管流进膀胱，而不允许尿液从膀胱向输尿管的倒流。因某种原因使这种活瓣样功能受损时，尿液即倒流入输尿管，严重时到达肾脏，这种现象称膀胱输尿管反流。那么小儿原发性膀胱输尿管反流怎么治？
　　药物治疗：所选择的药物应当是抗菌谱广，易服用，价廉，对病儿毒性小，尿内浓度高，对体内正常菌群影响极小的抗菌制剂，应以其最小剂量而足以控制感染为宜，感染发作时使用治疗量，感染被控制后改用预防量，这样很少引起不良反应。
　　定期随诊：药物治疗期间，病儿应定期随访，每三个月做一次体格检查，记录身高，体重，血压，实验室检查包括尿常规，血色素，白细胞计数等，每年做一次肾功能测定，以上检查也要根据病儿的病情随时调整，为了解尿液是否保持无菌，每一到三个月做一次尿培养，培养阳性应相应的调整治疗，超声可用于检测肾脏的发育及肾盂和输尿管的扩张情况，排尿性膀胱尿道造影在诊断后六个月重复检查，以后每隔六到十二个月重复一次，以后的检查也可改用放射性核素膀胱造影。
　　注射固体物质：采用膀胱镜于输尿管开口旁注射某些固体物质，如Teflon或胶原蛋白等，阻止尿液反流，是当前欧美地区应用比较多的一种非手术治疗方法，尤其是注射用的固体物质的研究，开展得相当多。
　　手术治疗：手术治疗的指征是基于感染的控制和肾功能的发展，而并不是反流的程度，药物治疗不能控制就要采用手术治疗，膀胱输尿管反流和梗阻并存，异位输尿管开口，或伴有较大的输尿管旁憩室，或输尿管开口于膀胱憩室内时首先考虑手术，抗反流的输尿管膀胱再吻合术或称输尿管膀胱再植术等治疗方法。