巧克力囊肿在手术后有复发的可能性的，因为巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，它是指具有生长功能的子宫内膜移位到了卵巢上，从而形成卵巢巧克力囊肿，这种疾病手术后的复发率是比较高的，一般在百分之五十左右，所以临床上为了降低巧克力囊肿术后的复发率，在术中要处理是比较关键的。如果囊肿与周围组织有致密的粘连，以及与肠管、输尿管有致密的粘连，在此时应该尽量的彻底清除病灶，以及与之相连的粘连带，必要时需要请其他科室的医生共同完成手术，而且一定要注意在术后要应用GNRHA类的药物，或者是地诺孕素等等来进一步的降低手术后的复发几率。

卵巢巧克力囊肿有可能会导致女性月经流不出，对于这种情况往往是由于具有生长功能的子宫内膜、腺体或者间质侵入卵巢所引起的卵巢组织被破坏，从而影响女性的月经，会导致月经流不出，月经量少，甚至月经经期延长等等。如果合并有囊肿，对月经影响是比较大的限制，会引起女性不孕症的发生，出现这种情况建议女性患者最好及时的去医院进行相关的检查，确定好囊肿的大小，以及形态，必要时需要进行手术治疗。女性在平时日常生活中应该注意腹部的保暖，避免受凉，避免生活压力过大，要保持愉悦的心情。

卵巢巧克力囊肿需要定期做B超检查，药物治疗或手术治疗等。一、如果卵巢巧克力囊肿很小，比如两个厘米或者三个厘米，这种卵巢的巧克力囊肿不需要特殊的处理，只需要定期随访B超和肿瘤标志物C125就可以，每三个月或者3到6个月做一次B超，经阴道的超声，同时抽血查一下C125，看看C125有没有特别的升高，因为特别的升高就怀疑巧克力囊肿是否有恶变，那个时候需要重视；如果要是说C125也很平稳、轻度升高，同时B超提示卵巢巧克力囊肿也就是两三个厘米，也没有过度的增大定期复查就可以。二、如果卵巢巧克力囊肿比较大，比如超过五个厘米的卵巢巧克力囊肿，这种情况就建议手术，卵巢巧克力囊肿痛经比较明显，就是囊肿导致输卵管性的不怀孕，这些卵巢巧克力囊肿都需要进行处理。卵巢巧克力囊肿的处理主要就是手术治疗，而手术治疗主要就选择腹腔镜下的卵巢巧克力囊肿的剔除术。要做好密切随访。还有一些治疗方式，比如说可以打GnRH-a这种药物治疗，保守性治疗还是比较少的。

巧克力囊肿即卵巢子官内膜异位囊肿，其内容物并非真的巧克力，而是由于内异灶出血积累了颇似巧克力汁样的囊内液而得名。巧克力囊肿形成病灶后，由于每月一次的反复病灶出血，巧克力囊肿会逐渐长大，长大的过程中，如果张力过大，囊肿就会破裂。如果内容物较多或较大，就会导致急性的剧烈腹痛；如果囊肿很小或破口很小，破口可以自然闭合，但流出去的囊内液会导致囊肿与周围器官粘连。医生检查时，包块活动性很差，这与卵巢的其他良性肿瘤不一样。其主要症状是疼痛、不孕和盆腔包块。腹腔镜手术是首选的治疗方式。但术后很容易复发。术后需要使用药物预防复发。卵巢巧克力囊肿引起不孕的原因有很多，可能是卵巢功能本身的问题，或微环境的问题，绝大多数内异症患者的输卵管都是通畅的。

卵巢巧克力囊肿不太好治疗，它属于卵巢的子宫内膜异位症。腹腔镜治疗时，把卵巢的巧克力囊肿剔除掉，但是在盆腔内的微小病灶，肉眼观察不到，没有办法把这个小病灶完全清除。在手术之后，很多女性会出现复发的现象。