引起肺脓肿的原因也有很多。在糖尿病患者和免疫功能抑制者某些真菌感染可引起空洞，如奴卡菌、放线菌;寄生虫如溶组织阿米巴原虫，为一种重要的、但并不常见的肺脓肿病原菌，主要引起下叶基底部位的脓肿;分枝杆菌如结核分枝杆菌、鸟分枝杆菌及细胞内分枝杆菌等亦可引起肺脓肿。