临床上常见的是溃疡性肠结核，还有殖性肠结核等等。肠结核好发于回盲部，依次为升结肠、空肠、横结肠、降结肠、阑尾、十二指肠及乙状结肠等处，偶有位于直肠者。胃结核亦有报导，但极少见。结核菌侵入肠道后，其病理变化随人体对结核杆菌的免疫力与过敏反应的情况而定。