肛周脓肿有可能会自行破溃，在临床上最常见的肛周脓肿为肛门周围皮下脓肿。由于其位置相对比较浅表，当浓腔压力达到一定程度，脓肿表面的皮肤有可能就会出现感染而自行流脓。流脓以后局部的肿痛症状会有所缓解，而且脓肿周围的炎性水肿也会随之出现消褪。此时肛周脓肿会由原来的急性感染期过度至慢性炎症期，会变成肛瘘而出现反复的流脓，原来破溃的位置就成为肛瘘的外口。而对于一些位置比较高的肛周脓肿可能并无法自行破溃。肛周脓肿无论是自行破溃还是处于急性发作期，均应该及时行手术治疗才能完全治愈，患者可以选择行一次性根治术。
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