外阴疼痛常见原因有淋菌性阴道炎、滴虫性阴道炎、霉菌性阴道炎、前庭大腺脓肿、尖锐湿疣等等。
阴蒂纤小而柔弱，平常都有阴蒂包皮遮盖，其附近无润滑液的分泌，所以触摸的手法不当造成疼痛也并不奇怪。在性生活时，阴蒂头就像阴茎龟头变得过分敏感，在触摸无疑造成疼痛，出现阴蒂的疼痛都属于正常的生理现象，并不是病例的改变。如果感染所造成阴蒂疼痛，是比较常见，比如生殖器的疱疹波及到阴蒂附近就有疼痛现象。
外阴阴道炎症也是常见引起阴蒂疼痛的病因，比如淋菌性阴道炎、滴虫性阴道炎、霉菌性阴道炎等等，涉及整个外阴时慢慢造成阴蒂的疼痛。其如前庭大腺脓肿、尖锐湿疣，均可能反射性的引起阴蒂的疼痛。
神经炎时也可能会影响阴蒂，最常见是糖尿病导致神经炎。使用小剂量吩噻嗪，可能让症状有一定的缓解。假如女性不习惯清洗外阴，尤其是不注意外阴的清洁，不清洗阴蒂以及包皮的，包皮内可积有阴蒂垢或小结石，就像沙子一样造成性交时的异样疼痛感。伴发阴蒂垢、阴蒂炎时，阴蒂充血水肿并突起，直接影响性生活的进行，患者应该保持外阴的清洁，防止积垢的形成。