目前临床上对于卵巢巧克力囊肿，如果小的时候或者是囊肿的大小在五厘米以下，可以暂时不用考虑手术治疗，可以先尝试用中医中药来进行治疗，也可以选择某些中成药来控制囊肿的生长。但是如果中药治疗效果不理想，可以在医生的指导下给予促性腺激素释放激素，来从中枢上控制激素的水平，从而使月经停闭达到抑制子宫内膜活性以及生长的目的，从而使卵巢巧克力囊肿得到治疗。但是这种治疗是有一定的副作用的，往往用药三个月以后患者会出现潮热、出汗、心烦、失眠等植物神经紊乱、更年期的症状。当停药几个月后，子宫内膜又会重新生长卵巢功能重新建立，又会来月经那么移位的病灶有可能重新复发。

目前临床上对于卵巢巧克力囊肿的认识，主要认为它是子宫内膜异位症的一种，是具有生长功能的子宫内膜侵入了卵巢组织，从而引起卵巢巧克力囊肿，这种疾病会产生类炎症的反应，所以患者会出现腹痛、痛经进行性加重，而且有一部分患者会引起盆腔的粘连，引起性交后的疼痛。卵巢巧克力囊肿的患者严重者会影响女性的卵巢功能，从而引起月经失调，甚至影响输卵管的蠕动，从而造成不孕症的发生。对于较大的卵巢巧克力囊肿，则需要进行手术治疗。

巧克力囊肿可引起痛经、导致不孕，容易恶变，还会导致胚胎畸性，增加流产率。巧克力囊肿易在月经前后出现自发破裂，患者会突然腹痛，类似急腹症。巧克力囊肿会破坏正常卵巢结构，使卵巢发生变化，减少卵子数量，造成生育力下降。也可使机体的免疫系统发生异常，使免疫细胞分泌出破坏卵巢组织的酶类物质，降低卵巢储备。巧克力囊肿极易造成卵巢和输卵管与周围组织的粘连，而且患病时间越长，粘连越严重，导致卵巢无法排卵，输卵管被死死的固定而动弹不得，即便是卵巢排卵后，输卵管也无法起到运输卵子的作用，无法完成受孕，最终导致女性不孕。巧克力囊肿和卵巢子宫内膜样癌，透明细胞癌之间的关系密切，恶变率约为1％。巧克力囊肿常常伴有体内免疫系统的失调，腹腔内细胞会分泌伤害精子的物质，影响精子活性。

巧克力囊肿的主要症状为疼痛、盆腔包块和不孕。疼痛主要表现为痛经，月经来潮前或者月经前后下腹部为主的疼痛。疼痛可能与月经周期有关系，也可能与月经周期无关，时轻时重。此外，还可引起深部性交痛。有时会引起进行性痛经。巧克力囊肿是引起不孕的常见原因，在不孕患者中，50%的病因与巧克力囊肿有关系。子宫内膜异位症引起不孕的原因很多，可能是卵巢功能本身的问题，或者腹腔微环境的问题。巧克力囊肿形成病灶以后，由于每月一次的反复病灶出血，巧克力囊肿会逐渐长大。长大的过程中，如果张力过大，囊肿就会破裂。如果内容物较多或者较大，就会导致急性的剧烈腹痛；如果囊肿很小或者破口很小，破口可以自然闭合，但流出去的囊内液会导致囊肿与周围器官粘连。巧克力囊肿破裂会引起急性下腹痛，这种情况需要急诊手术治疗。

卵巢巧克力囊肿能根治吗？首先，我们应该知道。这个卵巢巧囊肿是什么性质的？如果是说卵巢的子宫内膜异位囊肿，或者是卵巢的浆液性囊腺瘤或者粘液性囊腺瘤伴随囊内出血造成的卵巢巧克力囊肿，那么在处理的时候，如果说单纯把囊肿剥掉，从正常的卵巢组织上，单纯的把囊肿剥掉，只能说我这一次我把卵巢的囊肿给它剥掉了，算是治疗了，但是留着正常卵巢组织就有可能还会复发，真正的根治就是把卵巢切掉，如果说这个患者已经绝经了，卵巢已经没有分泌雌性激素水平的这种功能了，那么我切除卵巢，我可以达到根治的效果，但是如果这个患者还是生育年龄的妇女，卵巢还有分泌雌性激素，对于她的内分泌有非常重要的影响，这个时候我就不能去做根治性的手术，因为我们还要权衡患者的利弊，如果说我真的把卵巢完全切掉了，虽然囊肿根治了，但是伴随着患者出现了其它一些更年期的症状，可能要比卵巢巧克力囊肿对患者的影响更大。