生殖器疱疹的潜伏期为2至20日，通常为3至5日。原发性生殖器疱疹为第1次感染单纯疱疹病毒而出现症状体征，其特征是皮损较重，全身症状明显，持续时间较长。发病时患者的外生殖器部位先出现多发性红斑，逐渐发展为针头大小的红色丘疹，很快变为粟粒大即绿豆大的水泡，继而由水泡转变为脓疱或发生破裂，形成糜烂或溃疡，伴瘙痒疼痛感，周围淋巴结肿大。大多数患者表现为发热、头痛、肌肉痛、全身乏力。水泡发展成溃疡，通常持续4至15日，然后结痂愈合。全身症状与皮损出现后的3至4天内最明显，随后的3至4天内则逐渐减轻。部分患者可出现尿道炎及膀胱炎的症状。
原发性生殖器疱疹的皮损和全身症状一般于2至3周内消退，在消退过程中可有新水泡的发生，新发水泡多在发病后4至10日内出现。男性和女性患者皮损愈合的平均时间为十六点五天和十九点五天。
复发性生殖器疱疹，多发生于首次发生于原性原发性感染后的1至4个月，常有一定的诱因。复发性生殖器疱疹的病程比较短，通常为6至10天，多数患者的皮损在4至5天内结痂，自觉症状多在一周内消失。