非淋菌和淋菌性尿道炎的区别主要包括，致病菌不同、分泌物颜色不同以及治疗方式不同。
1、致病菌不同：非淋菌性尿道炎是指除淋球菌感染外，其他致病微生物感染引起的尿道炎症，目前主要是指支原体、衣原体感染引起的尿道炎，同时也包含大肠杆菌、葡萄球菌、链球菌、滴虫等，都属于非淋菌性尿道炎的范畴。而淋菌性尿道炎主要是指受到淋球菌感染而引起的尿道炎症。淋菌性尿道炎主要是通过不洁的性接触而引起，也属于一种性病。主要临床表现是尿频、尿急、尿不尽、尿道口流脓、尿痛、脓液一般呈乳白色，通常在接触后3到7天发病
2、分泌物颜色不同：临床表现主要是分泌物颜色有一定的区别。支原体、衣原体感染引起的尿道分泌物是透明的黏液性液体，一般呈淡黄色。而淋菌性尿道炎引起的尿道分泌物一般呈乳白色的。
3、治疗方式不同。非淋菌性尿道炎，尤其是支原体、衣原体感染引起的尿道炎，通常选用大环内之类的抗生素。而淋菌性尿道炎通常选用头孢类以及喹诺酮类的抗生素进行治疗。