肝囊肿体积较小的情况下，没有明显肝囊肿症状，是不需要特别治疗，定期随访即可。囊肿较大压迫症状明显者，主要行囊肿开窗术治疗。
肝囊肿就是指肝脏的局部组织呈现囊性肿大，临床上肝囊肿对人体的健康影响是不大的。
对于并发感染、囊内出血、囊液有胆汁者可行开窗术后置管引流。若病情局限在肝一叶，可考虑做肝叶切除。广泛的多囊肝可做肝移植。老体弱或重要器官功能不全者不宜手术。
需经外科处理的肝囊肿可能伴有并发症；
一、会出现术后出血的情况——分原发性与继发性两类，肝切除、单纯囊肿切除、囊肿开窗及囊肿引流等术后均可发生出血。肝断面的出血，肝脏与囊肿剥离面的出血、囊壁边缘的出血、吻合口的出血及由于感染等因素引起继发性出血等。
二、术后出现胆瘘，肝切除的断面、囊肿剥离面、囊肿内壁等均可能产生胆瘘。
三、术后感染。
四、术后肠瘘，施行囊肿内引流手术，有发生肠瘘的可能。
五、术后肝功能不全，对于多囊肝的晚期患者及巨大肝囊肿，经肝叶切除或囊肿切除与开窗术后均可能带来肝功能不全。
六、肿囊复发，孤立性肝囊肿治疗效果较好，术后极少复发；多发性肝囊肿术后并发症有复发、肝脏受压引起肝功能衰竭和感染。为了预防肝囊肿术后出现各种并发症，患者一定要到正规的医院进行诊断治疗，这样才更有保证。患者术后要听从医生的建议，切忌放任自流，要准时复诊，并且确保正常的休息和规律的饮食。