住院几天取决于囊肿长的部位、囊肿的大小和囊肿的性质和囊肿长在什么脏器，还是非常有关系的。如果囊肿就长在体表，不管是四肢，还是胸腹壁，还是背部的小的囊肿，一般都是进行门诊手术，一般手术完立马就可以回家，就不需要进行住院。
而如果囊肿是长在其他位置，如果长在腹腔，要看长在什么位置，如果囊肿相对比较小，就长在肠系膜上或者就长在小肠上，也是在微创下进行局部的切除就可以，这种对人体的干扰也比较小，一般术后一到两天也可以进行出院。如果囊肿是长在了妇科的附件上的，那也是可以进行腹腔镜手术，可能做完手术以后，也是一两天就可以出院。
但如果囊肿是比较大的，曾经做一个腹腔囊肿，在20cm以上的，并且和肠道的关系非常密切，需要切除几段肠管，还需要进行肠管的重新吻合的，住院的时间相对就会长，一般术后需要3到5天，等胃肠道功能完全恢复，不存在腹腔感染，可以正常进食以后才可以出院，这样的时间就会稍微长一些，一般术后3到5天就可以出院了。
另外，还有一些囊肿，像胰腺的囊肿，这种囊肿即使长在胰体尾，需要进行胰体尾的切除，甚至如果长在胰头，还需要做胰十二指肠切除，这是普外科非常大的手术，即使是进行腹腔镜下的手术，术后可能住院的时间也会相对比较长，有些可能在一到两周。如果术后恢复不够顺利，各个吻合的地方发生了瘘的情况，或者是胰瘘，或者是肠瘘，或者是腹腔感染比较重，可能住院时间就会明显的延长，甚至还可能需要住几个月的时间，才能完全的恢复。
所以，囊肿和大小有关系，更重要的是囊肿是什么位置的囊肿是更为重要。如果体表的，确诊时间就会非常短，门诊就可以进行，如果长的位置不是一个很好的位置，甚至如果是颅内，大脑长了囊肿，做完手术恢复的时间，那就可能还会相对要长一些。