新冠肺炎核酸检测，最常用的是咽拭子采集鼻咽部的分泌物，当然，也可以同时采集血液及粪便标本，但一般不单用抽血的方式来采集血液，来检测确诊新型冠状病毒感染。因为即使是新冠肺炎的患者，血液中新冠病毒核酸阳性的几率也非常的低，因此单靠抽血检查很难得到准确的结果。
新型冠状病毒肺炎核酸检测，一般采用RT-PCR和或高通量测序的方法，在鼻咽拭子、痰、肺泡灌洗液以及其他的下呼吸道分泌物、血液、粪便等等的标本中可以检测出新型冠状病毒核酸。一般来说，检测下呼吸道标本，比方说痰和气道的抽取物更加准确。但是采集这样的标本要求比较高，通常只有住院病人，或者危重症的患者才能采集到这样的标本。
一般患者基本上都是用咽拭子采集鼻咽部的分泌物进行检测，也可同时对血液以及粪便进行新冠病毒核酸检测，核酸检测会受到病程、标本采集、检测过程、检测试剂等因素的影响。为了提高检测的阳性率，应规范采集标本，采集好的标本也必须在低温下保存，标本采集后应尽快送检。也可以通过血清学检查新冠病毒特异性IgG抗体和IgM抗体阳性，但发病一周内阳性率比较低，而抗体检测可能会出现假阳性。因此需要结合流行病学史、患者临床表现和基础病等情况进行综合判断。
一般对临床怀疑新型冠状病毒肺炎，核酸检测阴性的患者以及病情处于恢复期，核酸检测阴性的患者可通过抗体检测进行诊断。