巧克力囊肿会对生育功能产生不利影响，发生不孕症的概率约为50％。
巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位囊肿，是最常见的子宫内膜异位症类型。这种疾病是因为子宫内膜组织长在卵巢上并反复出血、无法排出，引起了周围组织炎性反应、瘢痕形成而成为囊肿，囊内液为暗褐色巧克力状的陈旧性血液而得名。
巧克力囊肿患者会因为卵巢、输卵管粘连而影响受精卵的正常运输，从而影响女性的正常受孕。如果巧克力囊肿破裂，则会导致急腹症，加重整个盆腔组织粘连，更加影响受孕。此外，巧克力囊肿也会增加妊娠后的自然流产率。
因此，对于合并不孕症的巧克力囊肿患者，建议手术治疗，目前多采用腹腔镜手术，手术效果取决于病变程度。术后则应积极配合医生制定的治疗方案进行治疗，争取尽早妊娠。术后半年内是最佳怀孕时机，若术后超过2年仍不能妊娠者，再妊娠的机会很小。