巧克力囊肿会对生育功能产生不利影响，发生不孕症的概率约为50％。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位囊肿，是最常见的子宫内膜异位症类型。这种疾病是因为子宫内膜组织长在卵巢上并反复出血、无法排出，引起了周围组织炎性反应、瘢痕形成而成为囊肿，囊内液为暗褐色巧克力状的陈旧性血液而得名。巧克力囊肿患者会因为卵巢、输卵管粘连而影响受精卵的正常运输，从而影响女性的正常受孕。如果巧克力囊肿破裂，则会导致急腹症，加重整个盆腔组织粘连，更加影响受孕。此外，巧克力囊肿也会增加妊娠后的自然流产率。因此，对于合并不孕症的巧克力囊肿患者，建议手术治疗，目前多采用腹腔镜手术，手术效果取决于病变程度。术后则应积极配合医生制定的治疗方案进行治疗，争取尽早妊娠。术后半年内是最佳怀孕时机，若术后超过2年仍不能妊娠者，再妊娠的机会很小。

目前临床上认为巧克力囊肿的形成原因，是具有生长功能的子宫内膜异位到了卵巢位置，从而形成卵巢巧克力囊肿。它属于子宫内膜异位症的一种，病因主要是子宫内膜种植而形成的，所以巧克力囊肿的形成原因是因与饮食没有关系的。在正常情况下子宫内膜就在子宫腔内，随着卵巢分泌激素的影响而发生周期性的脱落，而子宫内膜跑到了卵巢的位置，就会形成卵巢巧克力囊肿，这种情况下如果囊肿较小是不用需要手术的。如果囊肿大于五厘米而且临床的不适的症状比较明显，则需要进行手术治疗。在饮食上应该避免食用辛辣、寒凉、生冷等刺激性的食物，这些食物不利于机体的恢复。

卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，这是由于子宫内膜异位到了卵巢上从而形成的囊肿。手术可以对卵巢巧克力囊肿起到短暂的治疗，但是不可以治愈的。卵巢巧克力囊肿手术以后需要注射一些药物来预防子宫内膜异位症的复发，比如说醋酸戈舍瑞林、亮丙瑞林之类的药物，来使达到药物性闭经的目的，从而防止复发可以抑制子宫内膜的活性，从而对巧克力囊肿起到短暂的治疗。一段时间以后如果不再用药还有复发的可能，甚至会影响女性的生育功能。一般女性到了绝经以后卵巢功能衰退子宫内膜萎缩，从而可以治疗卵巢巧克力囊肿。

卵巢巧克力囊肿与月经推迟，有可能会有一定关系的。因为巧克力囊肿属于卵巢子宫内膜异位症的一种，这是具有生长功能的一位内膜组织腺体或者间质侵入卵巢，从而引起的囊肿，这个疾病会对女性的卵巢功能产生影响，所以会影响女性妇科内分泌，引起内分泌的失调，从而对月经产生影响，会引起月经周期的延长，月经量减少，甚至严重者会导致闭经情况的发生。如果合并卵巢囊肿过大，那么则需要去医院进行手术治疗。手术可以将囊肿进行剥离，然后带恢复一段时间后，月经会恢复正常，有正常的排卵则可以怀孕的。

目前在临床上并没有发现哪种运动能够有效的控制住巧克力囊肿。因为女性做普通运动为了增强体质提高机体的抵抗力，但是并不能够抑制巧克力囊肿的长大，也不会让巧克力囊肿出现萎缩，变小的现象。同时对于卵巢巧克力囊肿过大的女性，如果进行剧烈的运动，有可能会导致巧克力囊肿破裂，甚至会引起囊肿的扭转。所以对于巧克力囊肿太大的女性，在临床上反而建议禁止做剧烈的运动。同时，在医生的诊疗下，应格外建议尽快的进行手术切除治疗，将巧克力囊肿病灶进行切除，术后要积极的预防复发。